オートチャージの条件にある「データを使い切った場合」とは、「オートチャージ以外のデータトッピング」・「プロモコード等で適用されたデータボーナス」を含め、全てのデータ残量が0GBとなった場合ですか？

はい、その通りです。
オートチャージで追加されたデータトッピングのデータ残量だけではなく、お持ちのデータトッピング・データボーナスの合計のデータ容量を全て使い切った場合にオートチャージされます。

なお、オートチャージで追加されたデータトッピングの有効期限が過ぎた場合は、他にお持ちのデータ容量がある場合でもオートチャージされます。

※オートチャージ対応トッピングの初回購入時は、他のデータトッピングやデータボーナスのデータ容量が残っていた場合でも、初回分の「データ追加3G（30日間）」が追加されます。